Le territoire actuel de la Moldavie a marqué l’extrême limite des conquêtes de Trajan en Dacie au début du IIe siècle de notre ère. Après le retrait de l’armée romaine au delà du Danube à la fin du IIIe siècle la population autochtone a été affectée par plusieurs vagues migratoires (Sarmates, Vandales, Goths, Huns, Avares, etc.).
Au Ve siècle les Slaves s’y établirent. Ces migrations se sont unifiées en une seule culture au cours du Haut Moyen Age, les populations locales conservant leur ancien nom de Ro(u)mains.
A partir du Xe siècle des principautés et des voïvodats apparaissent dans l’ancienne Dacie. A l’est des Carpates se forme un nouvel état, la Moldavie, qui recouvre l’actuelle République de Moldavie et la province roumaine du même nom. Cet État se consolide sous le règne d’Étienne le Grand (Stefan Cel Mare) dans la deuxième moitié du XVe siècle et fait front aux envahisseurs hongrois, polonais, tatares et turcs.
Au XVIe siècle la Moldavie accepte la suzeraineté ottomane tout en conservant son autonomie. A la fin du XVIIIe siècle, l’Autriche annexe la partie de la Moldavie nommée ultérieurement Bucovine. A l’issue des guerres russo-turques entre la fin du XVIIIe siècle et 1812, la Bessarabie (actuelle République de Moldavie) est annexée à l’Empire russe.
Le 27 mars 1918, le Parlement (Sfatul tarii) vote l’union de la Moldavie avec la Roumanie. Jusqu’en 1940, la Bessarabie fait partie de la Grande Roumanie.
En octobre 1924, le Gouvernement soviétique crée, sur la rive gauche du Dniestr (Transnistrie), la République autonome soviétique socialiste de Moldavie, censée justifier les prétentions territoriales soviétiques à l’égard de l’ensemble de la Bessarabie.
En juin 1940, en application des dispositions secrètes du pacte Molotov/Ribbentrop, l’Union Soviétique exige de la Roumanie la rétrocession de la Bessarabie et de la Bucovine du Nord. Les territoires du sud, débouché sur la Mer Noire, sont cédés à la RSS d’Ukraine. De 1941 à 1944, le pays est occupé par les armées roumaine et allemande. Le retour de l’Armée Rouge marque le retour du régime soviétique : déportations de masse, collectivisation forcée des terres agricoles et soviétisation accélérée de la société. L’industrialisation de la Moldavie dans les années 60-80 entraîne une forte immigration russe et ukrainienne, qui accentue son caractère pluriethnique.
Le 27 août 1991, au lendemain du putsch de Moscou, la Moldavie déclare son indépendance. La récession économique se double d’une situation politique instable. La Moldavie va devoir faire face, dès son indépendance, à la sécession de la Transnistrie, peuplée en majorité par des russophones, qui refusent la perspective d’une réunification avec la Roumanie (fort mouvement nationaliste 1989-1991).
La situation débouche en 1992 sur des affrontements armés qui ont fait plus de 500 morts auxquels le général Lebed, alors commandant de la 14e armée russe, met fin. Un cessez-le-feu est signé en juillet 1992 et des négociations, jusqu’à présent infructueuses, sont engagées pour définir le statut de la Transnistrie dans le cadre des frontières étatiques de la République de Moldavie.